Les 3 « Ninjas Kids », Rocky, Colt et Tum Tum, sont sollicites par le frere de leur grand-pere Mori qui doit ramener au Japon une dague d’apparat, cle d’une cache d’or…

Rocky, Mustang et Ram Dam tentent d’aider une communauté indienne dont la réserve est polluée par un industriel qui veut les expulser.

Les trois enfants de Sam Douglas, agent du FBI, sont kidnappés par le redoutable Hugo Snyder, notoire trafiquant d’armes. Mais c’est sans compter sur les ressources des jeunes gens, initiés…