Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

Umi est une jeune lycéenne qui vit dans une vieille bâtisse perchée au sommet d’une colline surplombant le port de Yokohama. Chaque matin, depuis que son père a disparu en…