Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

Après l’explosion d’une usine, une petite ville est littéralement suspendue dans le temps. Masamune a 14 ans, et avec ses amies, il va devoir s’adapter à une réalité à l’agonie.