En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Shion est une adolescente qui vient d’être transférée au lycée Keibu. Elle devient rapidement populaire grâce à sa beauté, sa personnalité et ses talents sportifs. Elle cache toutefois un secret……

Motoya Kako est au lycée et désespérée d’être célibataire. Un jour, elle prétend alors être étudiante afin de se rendre à des rendez-vous à l’aveugle. Là, elle fait la rencontre…

Hisashi et Mai doivent se marier dans trois mois mais Mai est victime d’une maladie et tombe dans le coma. Hisashi n’abandonne pas sa fiancée et prie pour son rétablissement….

Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus…

Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu’au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé…