Les camarades de lycée Yuu et Haru voyagent entre le monde réel et un univers parallèle fantastique pour aider leur amie Kotona, dont la vie est menacée.
Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.
Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.
Les évènements se déroulent un peu avant One Piece Film Z. L’histoire nous entraîne à Cannon Town où nous suivons une famille d’artisans. Elle se retrouve impliquée dans un incident…
